Pienillä lapsilla, jos esiintyy hormonaalisia häiriöitä, hoito voi koostua injektioista Testosteroni, jonka annoksen ja säännöllisyyden määrittää endokrinologi. Tämä hyvin noudatettu hoito lisää peniksen kokoa. Kun mikropenis johtuu peniksen kudoksista, jotka ovat herkkiä testosteronille, tällä hormonihoidolla ei ole vaikutusta.

Mitä aikaisemmin mikropenis havaitaan, sitä nopeammin hoito aloitetaan, sitä tehokkaampi se on. Hoito voi olla tarpeen myös murrosiässä. Murrosiän jälkeen hormonihoito ei ole enää tehokasta, koska kudokset eivät enää reagoi samalla tavalla.

Mikropeniksen kirurginen hoito     

Aikuisena, kun mikropenis ei ole hoidettu tai jos hoito ei ole ollut riittävän tehokas, leikkaus on mahdollista. Se ei kuitenkaan aina anna vakuuttavia tuloksia.

Nivelsiteen osa lykkäävä peniksestä, joka kulkee peniksestä pubiin, voidaan tarjota. Se ei muuta penistä millään tavalla, mutta irrottaa sen osittain pubista ja saa sen näyttämään pidemmältä. Havaittu vahvistus on 1-2 cm löysässä tilassa ja 1,7 cm erektiossa. Tämä pidennys hankitaan epävakaan pystyssä olevan peniksen kustannuksella, koska se on vähemmän kiinnittynyt pubiin, mikä voi tehdä tunkeutumisen vähemmän helpoksi.

THEautologinen rasva-injektio sisältää potilaan rasvan pistämisen peniksen ihon alle. Tämä ei pidennä penistä millään tavalla, mutta visuaalisesti tekee siitä paksumman. Vain osa paikalle asetetusta rasvasta ei imeydy elimistöön ajan myötä (10–50% aiheesta riippuen). Resorptio voi olla epätasaista ja johtaa "ruusukkoon" peniksen ulkonäköön.

Mikropenisillä voi olla merkittäviä psyykkisiä vaikutuksia etenkin murrosiässä, on tärkeää, että henkilöä autetaan ja hänen epäilyksensä otetaan huomioon.